Eszközparkunk

  • Gőzfázisú folyékony nitrogén tároló audiovizuális riasztórendszerrel

Nitrogén tároló

 

A folyékony nitrogén tárolókat a biológiai minták hosszútávú (akár több évtizedig történő) és megbízható prezerválására használják világszerte, hiszen nagyon alacsony (kb. -196°C) hőmérsékletet tudnak biztosítani. Ez azért jöhet létre, mert a víz üvegesedési hőmérséklete alatti (-135°C) hőmérsékleten a biológiai rendszerekben lévő folyamatok mintegy "leállnak", így képesen vagyunk a szövetekben, vérmintákban mintegy megállítani a molekuláris, sejtbiológiai folyamatokat és egy "ujjlenyomatot" készíteni abban a pillanatban, amikor a fagyasztás történt. Nagy előnyük továbbá, hogy nem kell félni az áramkimaradástól, meghibásodástól, a hűtők leolvadásától, hiszen működése áramot nem igényel, mindösszesen egy remek szigetelés kell a tárolókra, valamint gondoskodni kell a folyamatos nitrogén-utánpótlásról. A nitrogén utántöltésének gyakoriságát a tároló napi párolgási veszteségéből, használati frekvenciájából és fajtájából (pl. folyadékfázisú vagy gőzfázisú mintatárolás) előre megbecsülhetjük, azonban lehetőségünk van a nitrogén és a hőmérséklet szintjének folyamatos monitorozására és szükség esetén riasztásra is.

Az OnkoBank-ban egy 140 literes gőzfázisú tárolót használunk, aminek nagy előnye, hogy a tárolót csak 3-20%-ig töltjük meg nitrogénnel, ami egyrészt gazdaságosabb (eleve kevesebb nitrogén szükséges, illetve kevesebb a relatív párolgás is) és könnyebb, biztonságosabb felhasználást tesz lehetővé. Mintakivételnél- és berakásnál kevésbé kell félni attól, hogy az extrém hideg fagyási sérüléseket okozna, hiszen csak a legalsó rack (állvány) érintkezik közvetlenül a folyékony nitrogénnel, a felsőbb szintek csupán a nitrogén gőzfázisával. Hátrányát is éppen ez adja, hiszen a nettó tárolási kapacitásból vesztünk, mivel a legalsó állványokban mintákat nem tudunk tárolni.

  • 1D és 2D vonalkód olvasók (szkenner) a QR-kóddal ellátott mintatartó csövekhez és vonalkóddal ellátott mintatartó dobozokhoz

 

szszk

A mintatárolás alapkövetelménye, hogy mindig pontosan kell tudnunk, hogy melyik csőben milyen minta és hol található. Ehhez nagy segítséget nyújtanak a vonalkóddal ellátott mintatároló csövek és állványok, amelyeket rack szkennerrel leolvasva, pillanatok alatt - akár már rögtön a folyékony nitrogénből kivéve - megtudhatjuk, hogy a 24/ 48/ 96 lyukú dobozokban melyik minta található. Ez egyrészt elősegíti a minták intaktságának megőrzését, a fagyasztási-olvasztási ciklusok csökkentését (amelyek a legjobban károsítják az értékes biológiai mintákat), továbbá évek múlva is pontosan nyomonkövethető és beazonosítható lesz minden minta.

A szkennerhez tartozik egy mintamenedzsment szoftver is, amellyel rögzíthetjük a minták pozícióját a dobozokban, a folyékony nitrogén tároló rack-ek polcain, illetve a hűtők polcain. Továbbá, egyéb tulajdonságokat is hozzárendelhetünk a mintákhoz (pl. ki fagyasztotta, mikor, milyen mintát, milyen mennyiségben, melyik betegtől származik...).

  • Hűthető centrifuga vérvételi csövekhez

v

c

A betegek vérmintáit különböző vérvételi csövekben (pl. anti-koagulánst vagy pro-koagulánst tartalmazó, illetve natív csövek) gyűjtik az arra kijelölt orvosaink és asszisztenseink. A mintákból szérum, plazma és buffy coat kerül elkülönítésre és tárolásra. A vér feldolgozásánál nagyon fontos, hogy a centrifugálási lépések hűtött közegben történjenek. Vannak olyan, érzékenyebb minták, amelyek előkészítése megköveteli, hogy a centrifugálás végeztével a rotor mechanikusan ne fékőzdjön le, ehhez csupán a súrlódási erőt használja fel.

  • Mikrocentrifuga

m

 

Mikrocentrifuga

A tumoros és normál szövetekből, valamint a vérmintákból DNS, RNS és fehérje kerül izolálásra. A mintákat a makromolekulák kinyeréséhez az egyes mosási, precipitálási, kötési és eluálási fázisok között jellemzően magasabb fordulatszámon (~10 000 RPM) kell elvégezni alacsony térfogattal (max. 1,5 ml), amelyre a mikrocentrifuga alkalmas.

  •  -80°C-os ultramélyhűtők riasztórendszerrel

-80°C-os ultramélyhűtő

A -80°C-os hűtőben egyaránt tárolhatók szövetminták, RNS, cDNS és fehérjeminták hosszútávon. A hűtő folyamatosan jelzi a fennálló hőmérsékletet, illetve néhány foknak megfelelő hőmérsékletváltozást (melegedést) követően riaszt.

  • Folyékony nitrogén szállítókanna

1

A minták begyűjtéséhez és azonnali fagyasztásához szállítókannát használunk, amelyben egy adszorbens betét található, ez megakadályozza, hogy szállítás közben a nitrogén véletlenül kifolyjon és balesetet okozzon. Továbbá, a minták minősége drasztikusan javul, ha a fagyasztás azonnal megtörténik folyékony nitrogénben és a végleges tárolóhelyükön való elhelyezésükig a szállításuk is ebben történik.

  • Szerver szünetmentes áramforrással

szerver

A betegadatokat és mintaadatokat tároló REDCap rendszer egy helyi szerveren fut, amely biztosítja a biztonságát. Továbbá, rendszergazdánk napi mentéseket készít az adatokról, biztosítva, hogy bármilyen, nem várt hiba esetén a felbecsülhetetlen és pótolhatatlan adatok ne vesszenek el. A szünetmentes áramforrás (táp) is hozzájárul a szerverünk, a szoftver folyamatos működéséhez, ezáltal az adatok biztonságos tárolásához.

  • QiaCUBE Connect 

QiaCUBE

Nukleinsav (DNS, RNS) és fehérje izolálására használható  szilika oszlopos automata izolálási rendszer, amellyel egyszerre akár 12 minta is izolálható. Humán, állati, növényi, mikrobiális eredetű minták széles skálája izolálható a teljes vértől az FFPE metszetekig. Felhasználóbarát szoftver és nagyméretű érintőképernyő segíti az előre telepített applikációk alkalmazását. A belső munkafelületek dekontaminációjára beépített UV fénycső található benne, megvilágítható belső térrel.

  • Fragment Analyzer

​​​​​​​Fragment analyzer

A laborunkban található Fragment Analyzer egy fluoreszcens alapú kapilláris elektroforézis rendszer, amely egyszerre 12 minta analízisét végziA rendkívül érzékeny műszer futási ideje vizsgálattól függően 45-75 perc. A készülék működtetéséhez szükséges szoftver az eredményeket digitális, szerkeszthető formában ábrázolja és rendszerezve tárolja. Pontossága nélkülözhetetlen az újgenerációs szekvenálással összefüggő mintafeldolgozások során.

  • TapeStation 4150

 TapeStation

A TapeStation 4150 rendszer egy új, kompakt, alacsony áteresztőképességű automatizált elektroforézis műszer. Az alkalmazott ún. ScreenTape technológia lehetővé teszi a nukleinsavak gyors, egyszerű és megbízható elemzését akár futtatásonként 16 mintán. Ideális megoldás az RNS- és DNS-minták minőség-ellenőrzésére (QC) a következő generációs szekvenálás (NGS), microarray és qPCR munkafolyamatokban.

  • Bioruptor Pico

​​​​​​​BioruptorPico

Ez az eszköz elsősorban NGS (next-generation sequencing), chromatin shearing, protein aggregáció, fehérje extrakció és tömegspektrometria alkalmazásoknál használható műszer. Használatával állíthatjuk be pl. a könyvtárkészítés downstream folyamataihoz szükséges optimális fragmenshozamot és –hosszúságot egyszerre akár 12 mintán. Az alkalmazásokhoz speciális csövek szükségesek, amelyek térfogata: 0,65 ml ill. 1,5 ml (FFPE mintákhoz). A minták védelme érdekében a szonikátorhoz egy 2 – 20 °C hőmérsékletszabályozást biztosító hűtőrendszer csatlakozik. A működési hőmérséklet és időtartam az érintőképernyőn szabadon szabályozható.

  • Illumina NextSeq 500

Illumina

Az újgenerációs szekvenálás előnye, hogy a korábbi eljárásokkal ellentétben egyszerre akár több különböző DNS minta párhuzamos és gyors, automatizált leolvasására képes.  Minden szekvenálási folyamat három részből áll: könyvtárkészítés, szekvenálás, adatelemzés. Könyvtárkészítés során a mintából kinyert nukleinsavat enzimatikus vagy töréses eljárással rövid, 100-200 bázispár hosszúságú szakaszokká hasítjuk, amelyekhez az adott mintára vonatkozó egyedi indexeket ligálunk a későbbi azonosítás végett. A laborunkban használt Illumina NextSeq 500 újgenerációs szekvenátor többféle alkalmazásban is használható, melynek függvényében az egyszerre vizsgálható maximális mintaszámok és szekvenálási idők a következők: teljes genom (30 minta, 29 óra), teljes exom (12 minta, 18 óra), transzkriptom (16 minta, 18 óra), célzott panel (96 minta, 29 óra), gén expressziós profil (40 minta, 11 óra). A szekvenálás eredményeként kapott .fastq fájlok kiértékelését és a végső adatelemzést Galaxy platformon végezzük.