-
Gőzfázisú folyékony nitrogén tároló audiovizuális riasztórendszerrel
A folyékony nitrogén tárolókat a biológiai minták hosszútávú (akár több évtizedig történő) és megbízható prezerválására használják világszerte, hiszen nagyon alacsony (kb. -196°C) hőmérsékletet tudnak biztosítani. Ez azért jöhet létre, mert a víz üvegesedési hőmérséklete alatti (-135°C) hőmérsékleten a biológiai rendszerekben lévő folyamatok mintegy "leállnak", így képesen vagyunk a szövetekben, vérmintákban mintegy megállítani a molekuláris, sejtbiológiai folyamatokat és egy "ujjlenyomatot" készíteni abban a pillanatban, amikor a fagyasztás történt. Nagy előnyük továbbá, hogy nem kell félni az áramkimaradástól, meghibásodástól, a hűtők leolvadásától, hiszen működése áramot nem igényel, mindösszesen egy remek szigetelés kell a tárolókra, valamint gondoskodni kell a folyamatos nitrogén-utánpótlásról. A nitrogén utántöltésének gyakoriságát a tároló napi párolgási veszteségéből, használati frekvenciájából és fajtájából (pl. folyadékfázisú vagy gőzfázisú mintatárolás) előre megbecsülhetjük, azonban lehetőségünk van a nitrogén és a hőmérséklet szintjének folyamatos monitorozására és szükség esetén riasztásra is.
Az OnkoBank-ban egy 140 literes gőzfázisú tárolót használunk, aminek nagy előnye, hogy a tárolót csak 3-20%-ig töltjük meg nitrogénnel, ami egyrészt gazdaságosabb (eleve kevesebb nitrogén szükséges, illetve kevesebb a relatív párolgás is) és könnyebb, biztonságosabb felhasználást tesz lehetővé. Mintakivételnél- és berakásnál kevésbé kell félni attól, hogy az extrém hideg fagyási sérüléseket okozna, hiszen csak a legalsó rack (állvány) érintkezik közvetlenül a folyékony nitrogénnel, a felsőbb szintek csupán a nitrogén gőzfázisával. Hátrányát is éppen ez adja, hiszen a nettó tárolási kapacitásból vesztünk, mivel a legalsó állványokban mintákat nem tudunk tárolni.
-
1D és 2D vonalkód olvasók (szkenner) a QR-kóddal ellátott mintatartó csövekhez és vonalkóddal ellátott mintatartó dobozokhoz
A mintatárolás alapkövetelménye, hogy mindig pontosan kell tudnunk, hogy melyik csőben milyen minta és hol található. Ehhez nagy segítséget nyújtanak a vonalkóddal ellátott mintatároló csövek és állványok, amelyeket rack szkennerrel leolvasva, pillanatok alatt - akár már rögtön a folyékony nitrogénből kivéve - megtudhatjuk, hogy a 24/ 48/ 96 lyukú dobozokban melyik minta található. Ez egyrészt elősegíti a minták intaktságának megőrzését, a fagyasztási-olvasztási ciklusok csökkentését (amelyek a legjobban károsítják az értékes biológiai mintákat), továbbá évek múlva is pontosan nyomonkövethető és beazonosítható lesz minden minta.
A szkennerhez tartozik egy mintamenedzsment szoftver is, amellyel rögzíthetjük a minták pozícióját a dobozokban, a folyékony nitrogén tároló rack-ek polcain, illetve a hűtők polcain. Továbbá, egyéb tulajdonságokat is hozzárendelhetünk a mintákhoz (pl. ki fagyasztotta, mikor, milyen mintát, milyen mennyiségben, melyik betegtől származik...).
-
Hűthető centrifuga vérvételi csövekhez
A betegek vérmintáit különböző vérvételi csövekben (pl. anti-koagulánst vagy pro-koagulánst tartalmazó, illetve natív csövek) gyűjtik az arra kijelölt orvosaink és asszisztenseink. A mintákból szérum, plazma és buffy coat kerül elkülönítésre és tárolásra. A vér feldolgozásánál nagyon fontos, hogy a centrifugálási lépések hűtött közegben történjenek. Vannak olyan, érzékenyebb minták, amelyek előkészítése megköveteli, hogy a centrifugálás végeztével a rotor mechanikusan ne fékőzdjön le, ehhez csupán a súrlódási erőt használja fel.
-
Mikrocentrifuga
A tumoros és normál szövetekből, valamint a vérmintákból DNS, RNS és fehérje kerül izolálásra. A mintákat a makromolekulák kinyeréséhez az egyes mosási, precipitálási, kötési és eluálási fázisok között jellemzően magasabb fordulatszámon (~10 000 RPM) kell elvégezni alacsony térfogattal (max. 1,5 ml), amelyre a mikrocentrifuga alkalmas.
-
-80°C-os ultramélyhűtők riasztórendszerrel
A -80°C-os hűtőben egyaránt tárolhatók szövetminták, RNS, cDNS és fehérjeminták hosszútávon. A hűtő folyamatosan jelzi a fennálló hőmérsékletet, illetve néhány foknak megfelelő hőmérsékletváltozást (melegedést) követően riaszt.
-
Folyékony nitrogén szállítókanna
A minták begyűjtéséhez és azonnali fagyasztásához szállítókannát használunk, amelyben egy adszorbens betét található, ez megakadályozza, hogy szállítás közben a nitrogén véletlenül kifolyjon és balesetet okozzon. Továbbá, a minták minősége drasztikusan javul, ha a fagyasztás azonnal megtörténik folyékony nitrogénben és a végleges tárolóhelyükön való elhelyezésükig a szállításuk is ebben történik.
-
Szerver szünetmentes áramforrással
A betegadatokat és mintaadatokat tároló REDCap rendszer egy helyi szerveren fut, amely biztosítja a biztonságát. Továbbá, rendszergazdánk napi mentéseket készít az adatokról, biztosítva, hogy bármilyen, nem várt hiba esetén a felbecsülhetetlen és pótolhatatlan adatok ne vesszenek el. A szünetmentes áramforrás (táp) is hozzájárul a szerverünk, a szoftver folyamatos működéséhez, ezáltal az adatok biztonságos tárolásához.
- QiaCUBE Connect
Nukleinsav (DNS, RNS) és fehérje izolálására használható szilika oszlopos automata izolálási rendszer, amellyel egyszerre akár 12 minta is izolálható. Humán, állati, növényi, mikrobiális eredetű minták széles skálája izolálható a teljes vértől az FFPE metszetekig. Felhasználóbarát szoftver és nagyméretű érintőképernyő segíti az előre telepített applikációk alkalmazását. A belső munkafelületek dekontaminációjára beépített UV fénycső található benne, megvilágítható belső térrel.
- Fragment Analyzer
A laborunkban található Fragment Analyzer egy fluoreszcens alapú kapilláris elektroforézis rendszer, amely egyszerre 12 minta analízisét végzi. A rendkívül érzékeny műszer futási ideje vizsgálattól függően 45-75 perc. A készülék működtetéséhez szükséges szoftver az eredményeket digitális, szerkeszthető formában ábrázolja és rendszerezve tárolja. Pontossága nélkülözhetetlen az újgenerációs szekvenálással összefüggő mintafeldolgozások során.
- TapeStation 4150
A TapeStation 4150 rendszer egy új, kompakt, alacsony áteresztőképességű automatizált elektroforézis műszer. Az alkalmazott ún. ScreenTape technológia lehetővé teszi a nukleinsavak gyors, egyszerű és megbízható elemzését akár futtatásonként 16 mintán. Ideális megoldás az RNS- és DNS-minták minőség-ellenőrzésére (QC) a következő generációs szekvenálás (NGS), microarray és qPCR munkafolyamatokban.
- Bioruptor Pico
Ez az eszköz elsősorban NGS (next-generation sequencing), chromatin shearing, protein aggregáció, fehérje extrakció és tömegspektrometria alkalmazásoknál használható műszer. Használatával állíthatjuk be pl. a könyvtárkészítés downstream folyamataihoz szükséges optimális fragmenshozamot és –hosszúságot egyszerre akár 12 mintán. Az alkalmazásokhoz speciális csövek szükségesek, amelyek térfogata: 0,65 ml ill. 1,5 ml (FFPE mintákhoz). A minták védelme érdekében a szonikátorhoz egy 2 – 20 °C hőmérsékletszabályozást biztosító hűtőrendszer csatlakozik. A működési hőmérséklet és időtartam az érintőképernyőn szabadon szabályozható.
- Illumina NextSeq 500
Az újgenerációs szekvenálás előnye, hogy a korábbi eljárásokkal ellentétben egyszerre akár több különböző DNS minta párhuzamos és gyors, automatizált leolvasására képes. Minden szekvenálási folyamat három részből áll: könyvtárkészítés, szekvenálás, adatelemzés. Könyvtárkészítés során a mintából kinyert nukleinsavat enzimatikus vagy töréses eljárással rövid, 100-200 bázispár hosszúságú szakaszokká hasítjuk, amelyekhez az adott mintára vonatkozó egyedi indexeket ligálunk a későbbi azonosítás végett. A laborunkban használt Illumina NextSeq 500 újgenerációs szekvenátor többféle alkalmazásban is használható, melynek függvényében az egyszerre vizsgálható maximális mintaszámok és szekvenálási idők a következők: teljes genom (30 minta, 29 óra), teljes exom (12 minta, 18 óra), transzkriptom (16 minta, 18 óra), célzott panel (96 minta, 29 óra), gén expressziós profil (40 minta, 11 óra). A szekvenálás eredményeként kapott .fastq fájlok kiértékelését és a végső adatelemzést Galaxy platformon végezzük.